Oligo Calculator
ماشین‌حساب الیگو
Melting temperature (nearest-neighbour), molecular weight, extinction coefficient and OD ↔ nmol ↔ µg for DNA and RNA oligos. Paste one or many sequences, including BMG order notation.
Standard conditions: 50 mM Na⁺, 0.25 µM, no Mg²⁺. A PCR preset with Mg²⁺/dNTP and RNA Tm will be added after they pass our second-reference check.
Order at BMG · ثبت سفارش
Order the oligos, genes or plasmids you designed here from BMG Biotech. Ordering happens on bmgtechno.com.
Method, formulas and sources
Tm (DNA). Two-state nearest-neighbour model: Tm = ΔH° / (ΔS° + R·ln k) − 273.15, with the unified parameters of SantaLucia (1998, PNAS 95:1460), identical to Allawi & SantaLucia (1997). Initiation terms for terminal A·T and G·C pairs; symmetry correction for self-complementary sequences. k = C for a target in trace amount, C/2 for an equimolar duplex, C for self-complementary sequences. Salt: Owczarzy et al. (2004, Biochemistry 43:3537) correction of 1/Tm, as given by Owczarzy et al. (2008, Biochemistry 47:5336) without Mg²⁺. Checked against Biopython 1.88 and Primer3 2.4 (1,104 cases within 0.01 °C). Degenerate bases: the range over all expansions (≤ 256). Tm is shown for 8 nt or longer.
Molecular weight. Sum of nucleoside monophosphate masses − (n − 1) × H₂O, minus HPO₃ for a 5′-OH oligo (as synthesised). Average masses from Biopython IUPACData; monoisotopic masses under “More details”. Cross-checked with the OligoCalc formula (Kibbe 2007, NAR 35:W43).
Extinction coefficient ε260. Nearest-neighbour method: ε = Σ ε(pairs) − Σ ε(internal bases). DNA values from Cantor, Warshaw & Shapiro (1970), reproducing the published examples ACGT = 40,300 (Sigma-Aldrich) and AGCGT = 50,200 (ATDBio). RNA values from Puglisi & Tinoco (1989, Methods Enzymol. 180:304), checked against MeltR's data.
Conversions. nmol per OD = 10⁶ / ε; µg per OD = 10³ × MW / ε; volume for a stock (µL) = nmol / µM × 1000.
Modifications. BMG notation (+A LNA, * phosphorothioate, /{Name}/, mA, dT…) is recognised. A modification's mass and absorbance are used only after two independent public sources agree; until then it is shown as “not modelled” and MW, ε and conversions are not given for that oligo.
راهنمای فارسی
با این ابزار دمای ذوب (Tm)، وزن مولکولی، ضریب خاموشی و تبدیل OD به نانومول و میکروگرم را برای یک یا چند الیگو حساب کنید. هر توالی را در یک خط بنویسید (با نام و ویرگول یا Tab، یا به‌صورت FASTA). نمادگذاری فرم سفارش BMG هم پذیرفته می‌شود: +A برای LNA، * برای فسفروتیوات و /{…}/ برای مدیفیکیشن داخلی.
Tm با مدل نزدیک‌ترین همسایه (SantaLucia) و تصحیح نمک Owczarzy در شرایط استاندارد (50 میلی‌مولار سدیم و 0.25 میکرومولار الیگو) محاسبه می‌شود. اثر مدیفیکیشن‌ها روی Tm مدل نمی‌شود.
برای سفارش، فرم سفارش پرایمر یا پروب را در bmgtechno.com باز کنید.
نتایج این ابزار پیش‌بینی محاسباتی است و جایگزین نتیجه‌ی آزمایشگاهی نیست.